ncbi怎么通过基因序列比对？

一、ncbi怎么通过基因序列比对？

以下是NCBI进行序列比对，查找相关序列注释的基础用法，

1.打开NCBI网站：National Center for Biotechnology Information

2.点击popular resources的BLAST工具，进入工具主页面。

3.根据自己要进行比对的序列的类型，选择适合的blast。

4.点击blast后，在转跳页面等待一分钟左右，直到弹出信息页面。

5.点击这条序列的accession，即可转跳到genbank中查看这条序列的注释信息。

6.点击这里这条基因的链接，会转跳到gene数据库页面，看到更多的信息。

7.下载这条序列的fasta格式。

二、两条基因序列比对用什么方法？

如何用dnaman比对两个基因的序列

所谓重叠基因是指两个或两个以上的基因共有一段DNA序列，或是指一段DNA序列成为两个或两个以上基因的组成部分。

重叠基因有多种重叠方式。例如，大基因内包含小基因；前后两个基因首尾重叠一个或两个核苷酸；几个基因的重叠，几个基因有一段核苷酸序列重叠在一起，等等。重叠基因中不仅有编码序列也有调控序列，说明基因的重叠不仅是为了节约碱基，能经济和有效地利用DNA遗传信息量，更重要的可能是参与对基因的调控。

三、多重序列比对的基本原理？

多重序列比对（Multiple sequence alignment；MSA）是对三个以上的生物学序列（biological sequence），如蛋白质序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比对。

一般来说，是输入一组假定拥有演化关系的序列。

MSA的结果可推导出序列的同源性，而种系发生关系也可引导出这些序列共同的演化始祖。

四、怎样对DNA多重序列比对结果分析？

你所做的工作应该是寻找某个物种中的某一个基因在其它物种中的同源基因（ortholog）然后再做进化树那种吧。

进行多序列比对有许多软件都可以做到，DNAman我用的比较多的是alignment而不是multisequencealignment。

给你推荐一些软件，一个是clustalx,一个是MEGA，这两个软件都可以进行蛋白多序列比对，而后者我认为更强大些，还可以进行进化树分析。

把你所有从NCBI上找到的CDS导入到软件中（一般做同源分析都是用蛋白质序列）。

然后用软件进行比对就可以了，结果可以输出为多种形式，比如fasta或者其它格式，软件用法我这里也不多讲了，必须看专用的手册。如果还有不明白就发信息给我

五、进行基因预测时hmm的训练数据集是一些相关序列的多序列比对吗？

是的。hmm算法典型软件是hmmer，提供了hmmbuild/hmmsearch等一系列超级工具。构建hmm模型可以是多序列蛋白比对文件；具体详细请参考hmmer软件帮助文档。

六、文章中氨基酸序列的多重比对的图怎么做？

多序列比对在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助，ClustalW(Dos版本)很适合这些方面的要求，ClustalX是window版本。

用Clustal比对后的序列，有时候我们需要转为图片放在文章作详细方析，但大部分人的方法都是直接截图，这样的后果就是图片一点都不美观。

如果你是想要发表文章或其它比较重要的用途，图片的质量还是需要高一点的。

七、如何使用DNAMAN软件将测序的序列翻译成氨基酸序列？怎么和已知的基因进行比对？麻烦具体点，谢谢，非常感？

你可以看软件中help。简单说，将测序的序列打开，找到你翻译的atg起始，到终止密码子，copy到新的空白文档。

load该文档到channel，点击protein一栏中的translation。就有啦。

比对，就是将要比的序列分别load到每个channel，点击sequence-allignment。就可以看到比对结果了。

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